某時空線——
地球因過度發展而陷入環境衰亡，人類被迫進行太空移民流亡至其他星系。為避免再度犯下環境污染的錯誤使人類陷入滅亡，殘存的人類建立所謂「特殊統治體制Superior Dominance」，並賦予機械電腦「聖母」管理人類社會與控制人類思想的權限，預防文明因人類的貪婪再度毀滅。
一切都是那樣的井然有序，決不受私慾及愚蠢破壞的完美溫室，然而潛藏於人類靈魂深處的絕望與希望，使得人類最終仍舊選擇脫離機械所創造的虛偽自然，但是破壞一切之後，人們才驚覺早已沒有可以回去的美麗母星了。
人類的噩夢還會繼續下去，但是卻有著清醒的可能吧……

時間回溯——
被視為體制崩潰開端的教育站攻防戰導致教育站的區域網絡癱瘓，但直到叛軍入侵的多年後教育站才正式失去與聖母間的全部連通網路成為封閉的終端系統，無法與外界聯繫的教育站系統仍然試圖與早已被瓦解的母機連線，然而經歷兩次破壞的系統已出現過多無法自行修補的程式漏洞，研判再無法靠殘存資源成功連通網路的教育站系統，著手重啟因為成功而休止的人造人計畫。
完整繼承先代實驗成果的第三型人造人擁有與成功案例二型相同的全部優點，除此之外教育站系統增添了與聖母重新建立連結的任務和教育站本身有始以來的所有歷史紀錄。如機械般無可挑剔的理性，以人類延續為最大目的的思考邏輯，能如實展現情感但捨棄了醜陋私慾的究極人類，人造人三型身負重任漫遊於星際之間。

「……再見了，母親伊萊莎媽媽。」
迪絲並不如過去在教育站中的學生們將教育站系統稱呼為「伊萊莎媽媽」，反而因為大腦中被植入的人類知識而將伊萊莎當作真正的母親看待，迪絲認為伊萊莎創造自己並賦予部分記憶的行為就和人類傳承基因的模樣並無二致。
伊萊莎不僅是大家替代的媽媽，也是自己真正的母親。

「……我既是伊萊莎母親，也是母親的迪絲希望，為此，我要出發了。」